Ο Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σμύρνης ιδρύθηκε στην Νέα Σμύρνη το 1890 και σχηματίστηκε επί οργανωμένης βάσης το 1895 και σήμερα αγωνίζεται στη Σούπερ Λιγκ ως ΠΑΕ Πανιώνιος Γ.Σ.Σ.
Στο χρονικό διάστημα 1890-1893 αναφέρονται οι ποδοσφαιρικοί αγώνες των μελών του μουσικογυμναστικού σωματείου Ορφεύς Σμύρνης με ομάδες ναυτών σε ξένα εμπορικά και πολεμικά πλοία και με συλλόγους αλλοδαπών κατοίκων.Το άθλημα στη Σμύρνη έφεραν Άγγλοι, οι οποίοι διέμεναν κυρίως στη συνοικία του Μπουρνόβα.Εκεί δημιούργησαν το γήπεδο και 1904 διεξάγονταν οι διεθνείς Πανιώνιοι Αγώνες και αποτέλεσε έδρα της Bournobat Juniors Athletic Association of Smyrna που ήταν η αγγλική ένωση με αρκετούς Έλληνες αθλητές.Η Αγγλική ένωση διασπάστηκε το 1908 σε δύο μέρη και το ένα εντάχθηκε στον προϋπάρχοντα Ερμή και το άλλο σχημάτισε το βραχύβιο Θησέα Μπουρνόβα.Το 1895 συγκροτήθηκε η πρώτη οργανωμένη ποδοσφαιρική ομάδα του σωματείου Γυμνάσιον Σμύρνης, το οποίο επανενώθηκε με τον Ορφέα τον Οκτώβριο του 1898 υπό τη νέα ονομασία Πανιώνιος Γυμναστικός Σύλλογος Σμύρνης.Στα τέλη του 1909 ο Πανιώνιος έδωσε τρεις αγώνες στην Αθήνα. Ο Πανιώνιος νίκησε με 5-3 τον πρόσφατο τότε πρωταθλητή Ελλάδος «Πανελλήνιο Ποδοσφαιρικό Όμιλο»,έπειτα τον Παναθηναικό και ήρθε ισόπαλος 1-1 με τη Μικτή Πειραιά και ηττήθηκε με 2-3 από τη Μικτή Αθηνών. Το 1911 ο Πανιώνιος έχασε το πρωτάθλημα από την Ευαγγελική Σχολή Σμύρνης και το 1922 από τον Απόλλωνα, ομως, κατέκτησε την πρώτη θέση το 1913-1914.
Την περίοδο των εορτών 1928-29 στη Λέσβο, όπου συνέτριψε τον Παλλεσβιακό με 6-1 και τον Άρη Μυτιλήνης με 6-0.Στις 2 Φεβρουαρίου 1929 στην Καλαμάτα συνέτριψε τον Απόλλωνα Καλαμάτας με 7-2 και τον Εθνικό Καλαμάτας με 9-1.Στις 16 Μαρτίου 1930 αγωνίστηκε στην Κόρινθο με τον τοπικό Αχιλλέα σε αγώνα ρεβάνς και τον Δεκέμβριο του 1930, σε φιλικό αγώνα ηττήθηκε με 7-3 από τον Παλλεσβιακό στη Μυτιλήνη.
Κορυφαία διάκριση του συλλόγου στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις αποτέλεσε η συμμετοχή του στην προημιτελική φάση του κυπέλλου Κυπελλούχων την αγωνιστική περίοδο 1998-99, αποκλείοντας κατά σειρά τη φινλανδική Χάκα και τον Απόλλωνα Λεμεσού,και αποκλήστεικε από τη μετέπειτα νικήτρια Λάτσιο.Ο Πανιώνιος ήταν η πρώτη ελληνική ομάδα που αγωνίστηκε στο κύπελλο UEFA την περίοδο 1971-72, στη δεύτερη ευρωπαϊκή συμμετοχή του.Είχε αγωνιστεί δύο χρόνια νωρίτερα 1969-70 στο κύπελλο Διεθνών Εκθέσεων.Η πρώτη ήττα σημειώθηκε στην πρώτη του συμμετοχή στο κύπελλο UEFA 1971-72 από την ουγγρική Φερεντσβάρος με 6-0. Στην περιόδο 1979-80 σημειώθηκε μεγάλη νίκη επί της ολλανδικής Τβέντε με 4-0.Στην πρώτη θέση των σκόρερ στην ιστορία του συλλόγου στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις βρίσκονται τέσσερις ποδοσφαιριστές με 3 τέρματα, οι Νίκος Αναστόπουλος,Αντώνης Σαπουντζής,Βαγγέλης Μάντζιος και και Σαμέντ Γεσίλ.